에도시대에 막부가 열린 케이쵸 8년(1603년)의 다음 해에 니혼바시를 기점으로 5대 가도가 지정되었습니다. 토우카이도우, 나카센도우, 닛코우 가도, 오우슈 가도, 코우슈 가도를 말하며, 각 가도에 각각 일정한 수의 역참을 두고 역참에는 말을 제공해야 하는 의무를 부과하였습 니다.

코우슈 가도는 니혼바시에서 코우후에 이르는 간선으로서 코우후에서 나카센도우의 시모 스와까지 연결되어 있었습니다. 코우슈 가도는 니혼바시에서 첫 번째 역참인 타카이도까지 가는 거리가 길어 여행객이 어려움을 겪고 있었습니다. 그래서 고을을 관장하는 타카마츠 키로쿠 등의 청원에 따라 그 중간에 해당하는 지역에 역참을 두는 것이 인정되었습니다. 이 역참은 나이토우 씨가 막부에게 반환한 저택터에 세워진 것과 새로 지은 역참이란 뜻으로 「나이토우 신주쿠」라고 이름 지었으며, 신주쿠라는 지명의 기원이 되었습니다.

1947년3월15일 옛 요츠야·우시고메·요도바시의 3개 구가 통합되어 신주쿠구라는 이름으로 발족되었습니다. 이 명칭은 역사적인 유래 이외에 신주쿠 교엔과 신주쿠역이 전국적으로 유명하여 보편적인 이유로 채택된 것입니다.