在幕府成立的庆长8年(1603年)的次年，江户确定了以日本桥为起点的5条路。并在东海路、中山路、日光路、奥州路、甲州路各个街道设立了一定数量的驿站，并规定驿站有提供驿马的义务。

甲州路为从日本桥到甲府的干线，负责从甲府到中山路的下諏访的联络事务。在甲州路，从日本桥到第一个驿站高井户之间的距离很长，旅人往往为此感到非常辛苦。于是，根据名主高松喜六的要求，在这段区域中间另设立一个驿站的建议得到了批准。该驿站设在内藤氏回幕府后出现的居民区内，因为具有新的驿站的意思，它被称为“内藤新宿”，这就是新宿地名的由来。

1947 年3 月15 日，旧四谷、牛込、淀桥3 区合并，新宿区也正式成立。当时除了有历史由来之外，还因为新宿御苑和新宿站在全国都非常有名，普遍为人们所知，所以才采用了新宿这个名字。